口袋妖怪火红中文版故事设定在虚构的关都地区,一个基于日本关东的岛屿。在游历地区中各个城市的过程中,主角会遇到名为道馆的设施。游戏开始时,玩家能够选择主角的性别。玩家选择的主角为男性时会以火红开始游戏,选择女性时会以叶绿开始游戏。在道馆中有道馆训练家,主角需要在宝可梦对战中击败他们以获得道馆徽章。在获得八枚徽章后才有资格进入由地区中最出色的训练家组成的宝可梦联盟。在那里玩家将会挑战四天王,对抗滥用宝可梦力量的敌对组织火箭队,直面并击败组织的首领坂木。